杜甫草堂工部祠是杜甫草堂五重主體建筑的最后一重，也是最重要的一重。因為杜甫在成都時，曾被嚴武表薦為檢校工部員外郎，所以后人尊稱他為杜工部，將紀念他的祠宇稱為工部祠。工部祠前有清人何紹基撰寫的對聯：錦水春風公占卻，草堂人日我歸來。工部祠內，正中設杜甫神龕，東西兩側分別是南宋詩人陸游和北宋詩人黃庭堅。殿內還存有兩通杜甫石刻像，正中是明人何宇度所作，刻于萬歷三十年（公元1602年），石刻把杜甫刻得體形豐滿、氣度雍容。另一通是清朝人張駿臨摹南熏殿本所刻"詩圣杜拾遺像"。石刻之杜公像面容清癯，目光深沉。把詩人顛沛流離、憂國憂民的滿腔愁腸表現無遺。除此之外殿內還有兩通草堂石刻全景圖，分別為清乾隆五十年（公元1793年）和清嘉慶十六年（公元1811年）所刻，石刻清楚地勾勒出當時的草堂風貌。